האגף לשיתוף פעולה מדעי ואקדמי של שגרירות צרפת בישראל שואף לקדם ולעורר חילופי ידע ומיומנויות בין צרפת לישראל.
מינואר 2012, הוא משולב בתוך המכון הצרפתי בישראל (IFI) וממקד את פעילותו בשלושה צירים:

1.    תמיכה בשיתוף הפעולה המדעי לרבות באמצעות מימון מיזמי מחקר משותפים או בהענקת מלגות לחוקרים צעירים ולסטודנטים משתי המדינות;

2.    ריכוז והפצה של המידע בתחומי המדע והאקדמיה של שתי המדינות, באמצעות האתר של המכון הצרפתי, דרך מגזין אלקטרוני, דרך הרבעון האלקטרוני דגש Science , ודו”חות השגרירות;

3.    ארגון אירועים (סימפוזיונים, כנסים, דיונים, הקרנות וכדומה), וביקורי משלחות צרפתיות בישראל.